Vielfach agiert die BLE auch als bundesweite Zulassungsstelle für private Kontrolleinrichtungen, zum Beispiel bei der Überwachung von Bio-Betrieben oder der nachhaltigen Herstellung von Biokraftstoff und Biobrennstoff zur Strom- und Wärmeerzeugung. Auch erhebt die BLE Daten und Preise rund um die Themen Landwirtschaft und Ernährung, die zur Information, für statistische Zwecke und auch zur politischen Entscheidungsfindung für das BMEL aufbereitet werden. Als Projektträgerin für das BMEL betreut sie zahlreiche nationale und internationale Forschungsvorhaben in den Bereichen Landwirtschaft, Ernährung und Verbraucherschutz. Außerdem ist sie Verwaltungsdienstleisterin für das BMEL und die Behörden im Geschäftsbereich des BMEL.

Die BLE wurde zum 1. Januar 1995 gegründet. Sie entstand durch Zusammenlegung der ehemaligen Bundesanstalt für landwirtschaftliche Marktordnung (BALM) und des ehemaligen Bundesamtes für Ernährung und Forstwirtschaft (BEF).

Der Hauptsitz der BLE befindet sich in Bonn-Mehlem. Zur BLE gehören weiterhin Außenstellen und Büros. Außenstellen und ausgelagerte Referate befinden sich in Hamburg, München und Weimar. Büros für Aufgaben der Qualitätskontrolle finden sich in Bremerhaven, Frankfurt/Main (Flughafen, Großmarkt), Hamburg (Hafen, Großmarkt) und Köln. Sie hat insgesamt rund 1.400 Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter in ganz Deutschland und auf See.