Das BVL als nationale Behörde im Genehmigungsverfahren bei Anbau oder Verarbeitung von gentechnisch veränderten Organismen (GVO) in der EU gibt eine Stellungnahme zur Sicherheitsbewertung ab. Auch nationale Freisetzungen von GVO für wissenschaftliche Versuche müssen vom BVL genehmigt werden. Felder mit Anbau oder Freisetzung von GVO müssen in das GVO Standortregister eingetragen werden. So schafft das BVL Transparenz und ermöglicht die Koexistenz GVO nutzender und GVO vermeidender Landwirtschaft. Ferner managt das BVL für Deutschland den internationalen Informationsaustausch über GVO im Biosafety Clearing House. Beim BVL ist zudem die Geschäftsstelle der Zentralen Kommission für die Biologische Sicherheit eingerichtet, die die Bundesregierung und die Bundesländer bei der Sicherheitsbewertung gentechnischer Arbeiten, gentechnischer Anlagen, von Freisetzung und Inverkehrbringen von GVO berät.